i-motif是一类具有潜在生物学意义的非标准DNA结构。鉴于此,西班牙巴塞罗那大学Fernando Benavente、Raimundo Gargallo等为了快速分析i-motif折叠平衡与pH值和温度的关系,开发了一种新型毛细管电泳紫外吸收分光光度检测法(CE-UV)。
本文要点:
(1)电泳分析是在分离电压的反极性下进行的,32 cm长的熔融石英毛细管上永久涂有羟丙基纤维素(HPC),经过适当的调节程序后可获得良好的重复性。然而,所研究的富含胞嘧啶的i-motif序列(即TT、Py39WT和nmy01)的折叠构象和未折叠构象之间的电泳分离受到影响,尤其是Py39WT和nmy01,它们的峰值完全重叠。因此,需要使用多元曲线解析-交替最小二乘法(MCR-ALS)进行解卷积,以便利用电泳迁移率和紫外光谱水平的微小差异,有效分离在pH 6.5和12至40 °C、不同浓度水平下发现的折叠和未折叠物种。
(2)MCR-ALS还提供了定量信息,用于估算熔化温度(Tm),该温度与紫外光谱和圆二色谱(CD)光谱测定的温度相似。研究结果表明,MCR-ALS所辅助的CE-UV可能会成为一种非常有用的工具,有助于深入了解i-motifs和其他复杂DNA结构的折叠情况。
Rapid and Highly Efficient Separation of i-Motif DNA Species by CE-UV and Multivariate Curve Resolution
Laila Bchara, Ramon Eritja, Raimundo Gargallo, and Fernando Benavente
Analytical Chemistry Article ASAP
DOI: 10.1021/acs.analchem.3c01730
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.3c01730